Quem estuda Biologia, sabe que, nos campos da biologia molecular e da genética, um genoma é o material genético de um organismo e que ele consiste em DNA (ou RNA em vírus de RNA). O estudo do genoma é importantíssimo, sobretudo para alguns profissionais. Neste artigo, você conhecerá 8 navegadores de genoma de desktop Linux gratuitos e de código aberto.
O genoma
Cada genoma contém todas as informações necessárias para construir e manter esse organismo. Nos humanos, uma cópia de todo o genoma, que corresponde a mais de 3 bilhões de pares de bases de DNA, está contida em todas as células que possuem um núcleo.
Em bioinformática, um navegador de genoma é uma interface gráfica para exibição de informações de um banco de dados biológico para dados genômicos. Eles são ferramentas importantes para estudar genomas, dada a grande quantidade de dados disponíveis. Eles normalmente carregam arquivos muito grandes, como arquivos FASTA completos do genoma, e os exibem de forma que os usuários possam entender as informações ali contidas. Esses navegadores podem ser usados ??para visualizar uma variedade de tipos de dados diferentes.
Os navegadores
Os navegadores de genoma permitem que os pesquisadores visualizem e naveguem por genomas inteiros com dados anotados, incluindo previsão e estrutura de genes, proteínas, expressão, regulação, variação, análise comparativa, entre outras coisas.
Notícias Relacionadas
Futuro incerto para o BcacheFS
Debates acalorados: a suspensão de Kent Overstreet e as reações da comunidade
A suspensão temporária de Kent Overstreet, criador do BcacheFS, provocou uma avalanche de reações na comunidade Linux. Com opiniões divididas, desenvolvedores e membros da comunidade discutem sobre o impacto de suas ações e as consequências para o futuro do projeto no kernel Linux. O desenvolvedor suspenso também comentou em seu blog como tudo aconteceu. Comentários […]
Kent Overstreet
Kent Overstreet comenta suspensão em seu blog
Kent Overstreet, desenvolvedor da inovadora sistema de arquivos BcacheFS, enfrenta um momento delicado em sua carreira como contribuidor do kernel Linux. Sua suspensão temporária pelo comitê de Código de Conduta (CoC) gerou controvérsias sobre a forma como conflitos são geridos dentro da comunidade e levantou questões sobre os processos culturais e técnicos que guiam o […]
Os navegadores usam uma visão geral visual de alto nível de dados complexos em um formato que pode ser apreendidos de relance e fornecem os meios para explorar os dados em resolução crescente de escalas de megabase até o nível de elementos individuais da sequência de DNA. Existem inúmeras ferramentas para pesquisar genomas. Embora haja considerável sobreposição de funcionalidade, cada software oferece recursos ou dados exclusivos. A maioria dos navegadores de genoma não requer nenhum conhecimento de programação.
Este artigo se concentra apenas em navegadores autônomos de genoma de desktop. Muitos deles usam Java e também são ferramentas de plataforma cruzada. Abaixo, a lista elaborada pelo Linux Links.
Navegadores de Genoma para área de Trabalho Linux
- Tablet: Visualizador gráfico para montagens e alinhamentos de sequência;
- IGV: Ferramenta de navegador de genoma de visualização de alto desempenho;
- Genome Workbench: Ferramentas integradas para estudar e analisar dados genéticos;
- IGB: Navegador de Genoma Integrado;
- UGENE: Conjunto de software de bioinformática integrado;
- JBrowse: Navegador de genoma rápido e escalável;
- Artemis: Visualizador de genoma e ferramenta de anotação;
- Apollo: Editor de anotação genômica instantânea e colaborativa.
