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Bioinformática é uma área que corresponde à aplicação das técnicas da informática, no sentido de análise da informação, nas áreas de estudo da biologia. O objetivo da bioinformática é permitir a descoberta de novos insights biológicos e criar uma visão mais ampla e crítica a partir da qual os princípios unificadores da biologia possam ser percebidos. Neste post, você conhecerá 17 excelentes ferramentas de bioinformática Linux gratuitas e de código aberto.
Tabela de conteúdos
A bioinformática
A bioinformática é muito importante no campo da pesquisa do genoma humano. Tronando-se crucial para tecnologias de medição em larga escala, como sequenciamento de DNA, microarranjos e metabolômica. O campo da bioinformática tem sido significativamente auxiliado por hardware e software baseados em Linux.
Existem várias distribuições Linux que oferecem uma estação de trabalho de bioinformática integrada. A popular distribuição Bio-Linux empacota centenas de programas de bioinformática abrangendo diversos campos diferentes. Há uma ampla seleção de ferramentas de bioinformática Linux lançadas sob uma licença de código aberto.
Este artigo identifica excelentes ferramentas que são extremamente úteis para qualquer pessoa interessada em análise de sequências, modelagem molecular, dinâmica molecular, análise filogenética e muito mais. Abaixo, um gráfico elaborado pelo LinuxLinks com 17 excelentes ferramentas de bioinformática Linux gratuitas e de código aberto.
Ferramentas de Bioinformática
- Bioconductor: Uma ferramenta para análise e compreensão de dados genômicos de alto rendimento;
- Biopython: Um conjunto de ferramentas para computação biológica escritas em Python;
- BioPerl: Um conjunto de ferramentas Perl para biologia molecular computacional;
- IGV: Uma ferramenta de navegação de genoma de visualização de alto desempenho;
- InterMine: Com essa ferramenta, você consegue integrar fontes de dados biológicos;
- GROMACS: Pacote versátil para realizar dinâmica molecular;
- UGENE: Conjunto de software integrado de bioinformática;
- BioJava: Uma ferramenta que fornece ferramentas Java para processamento de dados biológicos;
- bedtools: Conjunto de ferramentas poderoso para aritmética do genoma;
- EMBOSS: O conjunto europeu de software aberto de biologia molecular;
- Clustal Omega: Programa de alinhamento de múltiplas sequências;
- BLAST: Algoritmo para comparar informações de sequência biológica primária;
- Taverna Workbench: Para projetar e executar fluxos de trabalho de bioinformática;
- Jalview: Edição, visualização e análise de alinhamento de múltiplas sequências;
- geWorkbench: Plataforma de software para análise integrada de dados genômicos;
- Bandage: Visualizando gráficos de montagem de novo;
- Bioclipse: Bancada de trabalho de química e biologia de plataforma rica em clientes.
Todos os softwares citados acima são gratuitos e de código aberto e, algum deles deve ser útil para sua necessidade. Basta escolher um deles!